Que Apple y Flash no son amigos no es ningún secreto, así que si hay fallos de Flash en safari no hay que extrañarse, uno de los problemas que suele haber en Safari es que se quede pillado cuando se reproduce Safari.
Para solucionar este problema, debes de acudir al Terminal y escribir lo siguiente ps -ax | grep WebKitPluginHost, entonces aparecerá en la pantalla lo siguiente.
16154 ?? 11:37.18 /System/Library/Frameworks/WebKit.framework/WebKitPluginHost.app/Contents/MacOS/WebKitPluginHost
Bien, ahora tienes que matar el proceso que provoca que este colgado Safari, el Process ID, en este caso el 161154, para ello debes de escribir kill -9 16154.
Vuelve a Safari y recarga la página con Flash que estabas reproduciendo, la verdad es que parece complicado, pero se tarda mas en leerlo que en hacerlo.
Una nota importante, el anterior script mata todos los plugins, no solo el de safari, así que si estas usando mas, también terminara con ellos.
Via Mac OSX Hints